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在治疗慢性肠胃炎的过程中，首先是需要根据患者是否有明确的病因，来分为病因治疗和对症治疗。感染性腹泻是需要根据病原体进行治疗，如果患者有乳糖不耐受，需要剔除食物中的乳糖，缓解症状。对于对症治疗方面是需要纠正患者腹泻所引来的水电解质的紊乱和酸碱平衡失调，对于因为慢性胃肠炎出现的严重营养不良的患者，是需要给予营养支持的。