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依据囊肿的大小、部位以及手术方式的不同，囊肿切除的手术费用也有较大的差别。一般来说，对于体表等较浅的小囊肿如表皮样囊肿，一般采用局部麻醉即可，手术的切除费用一般在3000元左右。而对于腹腔、盆腔等较深的囊肿如肝囊肿、肾囊肿、卵巢囊肿等，常常需要全身麻醉，手术方式可分为开腹手术和腹腔镜手术两种。传统的开腹手术虽然创伤较大，但手术费用相对较低，一般在10000元-15000元左右。腹腔镜手术对患者的创伤较小，术后患者恢复较快，但费用相对较高，一般在20000元-25000元左右。