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一般单发的脂肪瘤病因都不明，很多表现于肥胖者，但是在多发性脂肪瘤的患者中大约有1/3的患者有明确的遗传特性，即家族性多发脂肪瘤。有研究指出糖尿病患者和高胆固醇人群中脂肪瘤的发病率较高，半数以上的脂肪瘤存在细胞遗传学异常，比如12号、6号、13号染色体的异常，这几种染色体的异常多数是引起脂肪瘤发生的主要因素。